吉林大学边疆考古研究中心是2000年首批入选的教育部人文社会科学重点研究基地。中心以中国边疆及其邻境地区的古代人类、文化、生业与社会研究作为主攻方向，以建设国内领先、世界一流的中国边疆考古科学研究中心、人才培养中心和学术交流中心为发展目标。采用动态和开放的管理体制，除专设部分管理岗和专职科研岗之外，其余均为带课题进站的短聘岗位，完成课题后离站。

多年来，中心服务于国家边疆治理及文化遗产保护的重大需求，以问题为导向，凝聚团队，筹划设计和承担系列重大课题，在中国北方边疆地区先秦考古、高句丽渤海考古、辽金元考古，科技考古中的体质人类学、分子考古学、动物考古学，外国考古中的西亚考古、东北亚相关各国考古、考古学史等领域的研究特色鲜明，优势突出，取得了一系列国内外瞩目的学术成果。

中心下设6大学术团队。包括东北亚史前考古团队、东北亚历史考古团队、北方边疆及西伯利亚考古团队、西北边疆及中亚考古团队、边疆人类与生业考古团队、古DNA研究团队。体质人类学与分子考古学国家文物局重点科研基地依托本中心建设。中心主办有学术集刊《边疆考古研究》和英文期刊《Asian Archaeology》。

中心主任：王立新教授

中心业务副主任：蔡大伟教授、彭善国教授

中心行政副主任：郑礼丽

中心学术委员会

顾问：林沄教授（吉林大学）

主任：朱泓教授（吉林大学）

委员：王巍研究员（中国社会科学院考古研究所）

高星研究员（中国科学院古脊椎动物与古人类研究所）

乔梁研究员（中国文化遗产研究院）

赵辉教授（北京大学）

霍巍教授（四川大学）

水涛教授（南京大学）

赵宾福教授（吉林大学）

王立新教授（吉林大学）